Die Schulleitung ist für die operative Führung des Kindergartens und der Schule Zizers zuständig. Sie ist somit verantwortlich für die administrative, organisatorische, personelle und pädagogische Leitung und im Organigramm direkt dem Schulrat unterstellt. Zusammen mit dem Schulrat, der die strategischen Ziele festlegt, setzt sich die Schulleitung für eine hohe Bildungsqualität ein.
Rita Reinhardt und Bettina Hartmann führen die Schule Zizers gemeinsam in einem Pensum von 130 Stellenprozenten. Rita Reinhardt ist als Hauptschulleiterin Mitglied der Geschäftsleitung der Gemeinde Zizers und verantwortlich für das Schulbudget. Ebenfalls ist sie zuständig für die 5. bis 9. Klassen, die Schulentwicklung, die Integration sowie den Medien- und Informatikbereich. Bettina Hartmann ist zuständig für den Kindergarten und die 1. bis 4. Primarklassen sowie für die schulergänzenden Tagesstrukturen und die Blockzeiten.
Die Schuladministration unterstützt die Schulleitung im administrativen Bereich mit einem Pensum von 50 %.